Deprem izolatörlü olarak yapılması planlanan yapılarda, yapının mimariden itibaren izolatörlü olarak tasarlanması ve modellenmesi gerekmektedir. Örneğin, izolatörlerin yerleştirileceği kolonların boyutları hesaplar ile ayarlanmalı ve genel mimari de yine izolatör uygulamasına elverişli şekilde belirlenmelidir. İzolatörlü ve izolatörsüz yapılardaki mimari yaklaşım ve tasarım birbirinden farklıdır ve izolatörsüz olarak planlanmış ve hazırlanmış bir mimariye, genellikle izolatör uygulaması yapılamamaktadır. Bu nedenle, deprem izolatörü uygulanması planlanan bir yapının, en baştan buna uygun bir mimari ile çözülmesi gerekmektedir. Örneğin, deprem yalıtımlı yapılarda ince uzun kolon / perde tipi taşıyıcı sistemler ve kirişsiz döşeme yerine, kare kolon ve kirişli çerçeveler kullanılması tercih edilmelidir.